En 1988, la première véritable entente de financement entre le ministère de l'Éducation du Québec et la FCPPQ est signée. La FCPPQ publie son premier guide de fonctionnement des comités, qui sera acheminé dans toutes les écoles du Québec - par voie postale évidemment. La Fédération dépose, après une vaste consultation, son mémoire sur les projets de loi 106 et 107, projets portant sur les élections scolaires et la Loi sur l'instruction publique. En septembre, elle dépose un mémoire sur la gratuité scolaire.