En 1993, la FCPPQ s'inquiète déjà de l'érosion des principes de la gratuité scolaire et émet des recommandations dans son document « La gratuité scolaire. Rapport d'étude et recommandations ». La Fédération dépose aussi son mémoire « Faire avancer l'école » à la ministre Lucienne Robillard.
Le conseil d'administration compte alors 31 membres représentant les régions administratives du Québec. La FCPPQ regroupe 170 comités de parents, qui comptaient plus de 40 000 membres. 1148 parents participent aux différents ateliers du congrès annuel. La conférence d'ouverture est donnée par M. Jacques Grand'Maison et le Théâtre Sans Détour présente la pièce «Passages nuagueux - L'adolescence une passion incontournable! ».