En 1996, une proposition de réforme provoque des débats et des divisions au Québec: la déconfessionnalisation de l'Éducation. La Fédération des comités de parents de la province de Québec demande aux comités de parents de faire circuler dans leurs écoles une pétition à l'intention du ministre de l'Éducation, qui appuie la Coalition en faveur de l'évolution du système scolaire pour et avec la population, à savoir : « Que les parents conservent le droit de décider du type d'école pour leur enfant confessionnelle, non confessionnelle ou laïque ». La Fédération effectue un sondage auprès des comités d'école et des conseils d'orientation pour connaître la volonté des parents quant aux structures de participation. 1310 parents participent au congrès annuel, qui accueille en ouverture la ministre de l'Éducation, Mme Pauline Marois. La Fédération publie aussi ses positions sur les différents points débattus lors des Assises régionales de la Commission des États généraux sur l'Éducation.
