En 1997, deux projets de loi sont déposés par la ministre de l'Éducation, Pauline Marois, pour modifier la Loi sur l'instruction publique. Le projet de loi 109 met fin à l'existence des commissions scolaires confessionnelles et met en place les commission scolaires francophones et anglophones. Le projet de loi 180 remplace les comités d'école et les conseils d'orientation par le conseil d'établissement. La FCPPQ revendique que la présidence du conseil d'établissement soit assurée par un membre parent. Les comités de parents seront désormais formés de parents provenant des conseils d'établissement et d'un parent du comité EHDAA. Cette loi confirme la légitimité du pouvoir décisionnel des parents. Certaines associations de parents considéraient toutefois ces nouvelles attributions comme trop lourdes et privilégiaient le statut quo. Ce projet de loi permet aussi l'apparition des centres de formation professionnelle.
Cette année-là, la Fédération dispense 109 modules de formation et rejoint 1 859 parents participant aux instances scolaires.
Une assemblée générale spéciale est convoquée et les délégués votent pour la réduction du nombre d'administrateurs au Conseil d'administration en raison de compressions budgétaires. Le Conseil d'administration passe de 31 à 18 membres, soit un par région.
